在提供顯著的健康益處方面，蛋白水解酶（或蛋白酶）的製劑毫無疑問是功能完全的膳食補充劑之一。臨床研究已經有記載，它們具有眾多有效益處，為面臨多種健康挑戰的人們提供支持，這些健康挑戰包括：
儘管蛋白水解酶對於這些疾病和其它疾病的益處有科學文獻記載，但是它仍未被充分利用。
蛋白水解酶分解蛋白質，主要是通過增加水或水解特定氨基酸——蛋白質的構建組分——之間的鍵。不同的蛋白水解酶具有不同的能力，以分解不同的氨基酸鍵。每種蛋白酶都具有一種它所分解的特定氨基酸鍵。蛋白水解酶包括真菌蛋白酶；細菌蛋白酶（如舍雷肽酶和納豆激酶；植物蛋白酶（如菠蘿蛋白酶和木瓜蛋白酶；和來自豬肚的蛋白酶（胃蛋白酶）以及來自胰腺的蛋白酶（胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶）。
空腹口服時，尤其是以抗胃酸膠囊的形式服用時，蛋白水解酶可被完好吸收。如果隨餐服用，蛋白水解酶主要是在消化膳食蛋白質時被利用。當蛋白水解酶被吸收時，血液和體液中有特殊的阻酶因子，因而蛋白水解酶不會消化機體蛋白質。
蛋白水解酶的普遍用途可能是用作天然防炎劑。這種用法在醫學文獻中確有完備記載，大量雙盲研究顯示出其在緩解運動損傷、創傷、扭傷和勞損、外科手術以及骨關節不適引起的疼痛方面的效力。但是，蛋白酶產品在這些領域的效力所讓我相信的，是對它們臨床用途的一種無意識局限。由於它們發揮著更多更具臨床意義的效力，因而這些產品不僅僅是布洛芬和阿司匹林這類藥品的天然代用品。
例如，蛋白水解酶對一些某些不適症狀的改善似乎與幫助人體分解複合物有關，這些複合物形成於白細胞生成的抗體和它們所聯結的化合物（抗原）之間。與這些免疫複合物在血液中的高含量相關的疾病被稱為“自身免疫性疾病”，例如關節不適症狀及相關皮膚疾病。循環免疫複合物的較高含量也見於潰瘍性結腸炎、克羅恩氏病和艾滋。
蛋白水解酶可以分解堵塞呼吸道的黏液。它是這樣實現的：作用於黏液中的蛋白質，以幫助減少黏性（粘稠度和凝膠狀特質）。這讓蛋白水解酶在維護暢通的呼吸道方面極為有助益，特別是患有呼吸不適症狀的情況下。舍雷肽酶在這方面似乎特別有助益。
受益於蛋白水解酶補充劑的疾病清單一直在增加。例如，一種可能的用途是改善與病毒相關的疾病，包括某些輕症感染。在一項治療某些皮膚疾病的研究中，口服蛋白水解酶製劑有改善作用。在一項針對丙型肝炎患者的研究中，蛋白水解酶在改善化驗值和症狀方面，略優於 α-干擾素。蛋白水解酶對於急性和慢性呼吸不適症狀似乎也很有助益。
雖然有的產品含有個別酶，如納豆激酶和舍雷肽酶，但是很多時候蛋白水解酶產品含有多種類型的酶，以提供相關益處。關鍵是提供足夠高的蛋白水解活性。酶的效力或活性不僅僅是基於重量，相反，它是基於酶活性的實驗分析。針對每種蛋白水解酶所使用的不同計量單位以《食品與化學法典》(Food and Chemical Codex) 為基礎。美國食品及藥物管理局 (FDA) 將這種考證方法採用為表達酶效力的標準方法。例如，菠蘿蛋白酶的效力基於實驗室評估中將明膠暴露於菠蘿蛋白酶後的明膠消化單位 (GDU)。
以下是針對每種個別蛋白水解酶的劑量建議，作為一種概測法來計量蛋白水解酶的效力。如果使用複合物混合物，則應預期每種個別蛋白水解酶的含量更低。蛋白水解酶應在兩餐之間空腹服用，用來改善消化功能時除外。
蛋白水解酶通常具有很好的耐受性，且與任何顯著的副作用沒有關聯。即使是推測胰腺功能正常的人，服用蛋白水解酶不會產生不良副作用，也不會減少這些受試者產生他們自己的胰酶的能力。
雖然服用任何蛋白水解酶都沒有明顯的副作用，但是可能發生輕微的過敏反應（與大多數食物一樣）。
手術前或手術後至少兩天不建議服用蛋白水解酶，因為可能會增加出血的風險。
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